Компания АНКОРТ создана в 1990 году. Учредителем компании является ведущий производитель России микрочипов и электронной продукции НПО АНГСТРЕМ, расположенный в пригороде Москвы (Зеленоград). В прошлом НПО АНГСТРЕМ специализировался на разработке и производстве сверхбольших электронных схем и электронного оборудования для оборонной и космической промышленности СССР, что обусловило высокий уровень применяемых технологий.
В 1990 году компания АНКОРТ, базируясь на достигнутом уровне, развернула крупносерийное производство широкого ассортимента электронного криптографического оборудования и программного обеспечения для защиты информации.
В 1996 году было осуществлено акционирование НПО "АНГСТРЕМ" в АО "АНГСТРЕМ" и приватизация АНКОРТ. В настоящее время ЗАО АНКОРТ - частная компания, одним из учредителей которой является АО "АНГСТРЕМ".
Продукция АНКОРТ используется в государственных органах России, включая Министерство обороны, Министерство внутренних дел, Центральный Банк, а также в крупных коммерческих компаниях и банках.
Созданная компанией АНКОРТ система защиты платежных документов более чем в 1600 отделениях Цетробанка в 1992 году позволило в двухмесячный срок пресечь попытки хищения криминальными структурами крупных сумм путем изготовления фальшивых финансовых документов и подлогов. Аналогичных разработок по защите банковских финансовых документов ранее в мире не проводилось.
Использование портативных шифраторов, разработанных фирмой АНКОРТ, показало их высокую эффективность в Воздушно-Десантных Войсках России во время выполнения ими боевых действий в "горячих точках".
За рубежом фирма АНКОРТ успешно работает более чем с 20 странами мира.
Впервые в мире криптографические алгоритмы фирмы АНКОРТ сертифицированы правительством нейтральных стран, в том числе ЮАР и признаны практически недешифруемыми даже с использованием суперкомпьютеров.